La collectivité de Saint-Hilaire est certainement ancienne, car son nom apparait dans les archives départementales au 12ème siècle « Sanctus-Hilarus-de-Nemroe » ce qui peut être traduit dans notre français d’aujourd’hui, Saint-Hilaire-des-Forêts. Ce nom (comme celui de nombreuses communes de la région), perpétue le souvenir de l'évêque de Poitiers, Saint-Hilaire, qui évangélisa la contrée au 4ème siècle.
Au moyen-âge, Saint-Hilaire dépendait des châtelains de Clisson. Puis la commune a été incluse dans le canton de Clisson lors de la création de cette division administrative.
La dénomination Saint-Hilaire-du-Bois remonte au Moyen Age, sans que l’on connaisse la date précise. Le 1er janvier 1921, le conseil municipal a demandé le changement de dénomination en Saint-Hilaire-de-Clisson afin de remédier aux confusions fréquentes dans la distribution du courrier entre les différents Saint-Hilaire- du-Bois des autres départements.
Le territoire de la paroisse comprenait la plupart des villages que nous connaissons aujourd’hui. Le bourg quant à lui, s’est formé tardivement avec l’ensemble cure, église cimetière et les deux villages qui lui étaient proches : La Jarrie et Coussa. Au cours des siècles, Saint-Hilaire s'est situé tantôt en Bretagne, tantôt en Poitou, tantôt entre ces deux provinces, c'est à dire au sein des Marches Bretagne-Poitou.
Les compétitions qui ont eu lieu entre les Anglo-Normands, les Bretons et les Francs (de 1066 à 1453) ont laissé des traces y compris à Saint-Hilaire. A partir de 1580, à l’état civil, on trouve nombre de noms à consonance anglaise comme les Dubson Denis et Young Marie ainsi qu’un vicaire Thobye Philippe et bien d’autres encore.
Au temps de l’autonomie de la Bretagne et jusqu’au 15ème siècle (mariage en 1491 d’Anne de Bretagne avec Charles VIII roi de France), la châtellenie de Clisson dont dépend Saint-Hilaire comprend pas moins de 17 paroisses sans compter celles de Clisson. Elles se répartissent en Bretagne et en Bas Poitou avec 4 statuts différents, Saint-Hilaire fait partie des "Marches avantagères à la Bretagne" au même titre que Saint-Lumine-de-Clisson, La Bernardière et Aigrefeuille-sur-Maine.
En 1632, une épidémie probablement de peste décime la population, 157 victimes sont recensées. Aux XVIe et XVIIIe, un foyer protestant important vit à St Hilaire en parfaite cohabitation avec les catholiques comme en attestent les registres paroissiaux. Les châteaux de l’Hommeau et de la Mainguionière appartiennent alors à des huguenots. Après la révocation de l’édit de Nantes, beaucoup quittent la région ou se convertissent, comme le seigneur de la Raillère en 1659 et le seigneur de Bel Air en 1663.
La commune est rurale depuis toujours. En 1789, on y comptait 170 laboureurs, métayers et journaliers, mais aucun vigneron bien que chacun ait eu son lopin de vigne. Comme dans toutes les communes des environs, la guerre de Vendée fit des ravages entre 1793 et 1794, et c’est probablement en septembre 1793, en même temps que le château de Clisson que l’église, la cure et de nombreuses maisons furent brûlées par les républicains.
La commune de Saint-Hilaire-de-Clisson est désormais stabilisée, l'examen du cadastre de 1809 montre que les limites géographiques de la commune n'ont pas changé, et que, à une ou deux exceptions près, on retrouve actuellement les mêmes villages.
Son aspect n'a pas été bouleversé par des grands travaux. Les opérations de remembrement ont beaucoup modifié le paysage. Les chênes et les haies ont vu leur nombre diminuer. Le nombre des agriculteurs a diminué lui aussi, mais la surface agricole utilisable est encore exploitée pour sa quasi-totalité.
Une première petite église est constituée d’un clocher-porche à la fin du XVème siècle. Elle est reconstruite partiellement entre 1730 et 1785, puis incendiée pendant la révolution. Vers les années 1850, l’abbé Letourneux achète un terrain près du sanctuaire afin d’y construire un nouvel édifice et d’en faire don à la fabrique de la commune. En 1856, l’ouverture d’une carrière est attestée dans le « champ de la chapelle », probablement à l’emplacement de l’ancienne église. Après divers retards, les travaux débutent en mars 1867. La bénédiction est réalisée le mardi 22 décembre 1870 par le chanoine Picot, délégué de Mgr Fournier, évêque de Nantes. Elle fut construite suivant les plans de l’architecte clissonnais Méchinaud par l’entrepreneur Eugène Gauthier, fils, de Clisson. Le clocher porte quatre cloches qui furent bénies le 6 juin 1870, dont une petite cloche argentine rescapée de l’ancienne église et qui date de 1536, sous le règne de François 1er. Son architecture est du style néo-roman que l'on retrouve dans beaucoup d'églises reconstruites au 19ème siècle.
Le premier bâtiment de la cure a pu être construit en même temps que l'ancienne église, il offre une indéniable qualité architecturale et technique et est donc un témoin rare de l'histoire de St Hilaire depuis l'ancien régime jusqu'à la fin du 20ème siècle. La première partie date probablement du 17ème siècle et a été partiellement incendiée vers 1793, le bâtiment a été reconstruit et agrandi vers 1826-1830, il a conservé, à la différence de la nouvelle église, son style original poitevin, attaché au pays de St Hilaire. Un projet de réaffectation de l'ancien presbytère à usage de mairie en 2006 a permis de conserver la dimension patrimoniale de cet ensemble.